# SARS-CoV-2 و COVID-19 واللعاب طقم التشخيص

نبذة مختصرة

سريع ودقيق SARS-CoV-2 الاختبارات التشخيصية ضروري للسيطرة على COVID-19 المستمر جائحة. المعيار الذهبي الحالي لـ COVID-19 التشخيص في الوقت الحقيقي RT-PCR الكشف عن SARS-CoV-2 من أنفي بلعومي مسحات. ومع ذلك ، فإن الحساسية المنخفضة ، ومخاطر التعرض للعاملين في الرعاية الصحية ، والنقص العالمي في المسحات ومعدات الحماية الشخصية ، تستلزم التحقق من صحة الأساليب التشخيصية الجديدة. اللعاب مرشح واعد لـ SARS-CoV-2 التشخيص بسبب (1) تعتبر عملية التجميع طفيفة التوغل ويمكن أن تُدار ذاتيًا و (2) أظهر اللعاب حساسية مماثلة للمسحات الأنفية البلعومية في الكشف عن مسببات الأمراض التنفسية الأخرى ، بما في ذلك فيروسات كورونا البشرية المستوطنة ، في دراسات سابقة. إلى التحقق من صحة استخدام اللعاب لـ SARS-CoV-2 الكشف ، قمنا باختبار عينات البلعوم واللعاب من مؤكد COVID-19 المرضى والعينات التي يتم جمعها ذاتيًا من العاملون في الرعاية الصحية على COVID-19 عنابر. متى قارنا SARS-CoV-2 الكشف من مريض مطابق أنفي بلعومي

وعينات اللعاب ، وجدنا أن اللعاب أعطى حساسية أكبر في الكشف والاتساق طوال مسار العدوى علاوة على ذلك ، أبلغنا عن تباين أقل في العينة الذاتية جمع اللعاب. مجتمعة ، توضح النتائج التي توصلنا إليها أن اللعاب هو بديل حيوي وأكثر حساسية للمسحات الأنفية البلعومية و يمكن تمكين في المنزل ذاتي الإدارة جمع العينات للحصول على دقة على نطاق واسع SARS-CoV-2 اختبار.

المقدمة

الجهود المبذولة للسيطرة على SARS-CoV-2 ، الفيروس التاجي الجديد يسبب COVID-19 الجائحة ، تعتمد على اختبارات التشخيص الدقيقة والسريعة هؤلاء يجب أن تكون الاختبارات ( 1 ) حساسة للعدوى الخفيفة وغير المصحوبة بأعراض لتعزيز العزلة الذاتية الفعالة وتقليل الانتقال ضمن المجموعات المعرضة للخطر 1 ؛ ( 2 ) متسقة لمراقبة تطور المرض بشكل موثوق ومساعدة القرارات السريرية 2 ؛ و ( 3 ) قابلة للتطوير لإعلام سياسات الصحة العامة المحلية والوطنية ، مثل متى يمكن أن تكون إجراءات التباعد الاجتماعي مريحة. ومع ذلك ، الحالي SARS-CoV-2 غالبًا ما تفشل استراتيجيات الاختبار في تلبية هذه المعايير ، جزئيًا بسبب من الخاصة بهم الاعتماد على مسحات البلعوم كنوع العينة الموصى به على نطاق واسع في الوقت الحقيقي RT-PCR.

على الرغم من تستخدم المسحات الأنفية البلعومية بشكل شائع في تشخيص فيروس الجهاز التنفسي ، هم تظهر حساسية ضعيفة نسبيًا لـ SARS-CoV-2 الكشف في العدوى المبكرة و 2-6 غير متناسق أثناء اختبار تسلسلي . علاوة على ذلك ، فإن جمع المسحات الأنفية البلعومية يسبب إزعاجًا للمرضى بسبب الإجراء الغازية ، ويحد من الامتثال للاختبار المتكرر ، ويمثل خطرًا كبيرًا على العاملين في مجال الرعاية الصحية ، بسبب يمكن أن تحفز المرضى على العطس أو السعال ، وطرد الفيروس الجزيئات 7 . هذا الإجراء أيضًا لا يفضي إلى إجراء اختبار على نطاق واسع ، لأن هناك نقص واسع النطاق في المسحات ومعدات الحماية الشخصية للعاملين في الرعاية الصحية 8 و التجميع الذاتي المسحات الأنفية البلعومية صعبة وأقل حساسية للكشف 9 عن الفيروسات . هؤلاء سوف تتفاقم التحديات مثل COVID-19 انتشار الوباء في البلدان ذات الدخل المنخفض نظرًا للقيود ، يكون أكثر موثوقية وأقل كثافة في استخدام الموارد طريقة جمع العينات ، وهي الطريقة المثالية التي تستوعب الجمع الذاتي في المنزل ، بشكل عاجل مطلوب. يعتبر أخذ عينات اللعاب بديلاً جذابًا لمسحة البلعوم الأنفي ، منذ جمع اللعاب غير جراحي وسهولة الإدارة الذاتية. تحليل توافق البلعوم الأنفي واللعاب لـ RT-PCR الكشف عن مسببات أمراض الجهاز التنفسي ، بما في ذلك اثنان موسمي

فيروسات كورونا البشرية ، تشير إلى حساسية تشخيصية قابلة للمقارنة بين العينة ^10،11من COVID-19 المرضى و ( 2 ) تحتوي عينات اللعاب التي يتم جمعها ذاتيًا على تشير النتائج الأولية إلى أن ( 1 ) SARS-CoV-2 يمكن الكشف عن من اللعاب ¹² أنواع mSARS-CoV-2 حساسية الكشف عن المسحات الأنفية البلعومية التي تم جمعها من قبل الرعاية الصحية ¹³ العمال من معتدل وتحت السريري COVID-19 حالات . بشكل حاسم ، مع ذلك ، لا يوجد تقييم دقيق لحساسية SARS-CoV-2 تم إجراء الكشف في اللعاب فيما يتعلق بالمسحات الأنفية البلعومية من المرضى الداخليون خلال مسار COVID-19 عدوى

في هذه الدراسة ، قمنا بتقييم SARS-CoV-2 الكشف في مسحات البلعوم الأنفي المقترنة وعينات اللعاب المجمعة من كوفيد -19 المرضى الداخليون والعاملون في مجال الرعاية الصحية بدون أعراض عند متوسطة إلى عالية خطر الإصابة بـ COVID-19 التعرض. لدينا تشير النتائج إلى أن استخدام اللعاب لـ SARS-CoV-2 الاكتشاف أكثر حساسية واتساقًا من باستخدام مسحات البلعوم الأنفي بشكل عام ، نظهر أن اللعاب يجب يعتبر نموذجًا موثوقًا به للتخفيف من حدة COVID-19 اختبار مطالب.

النتائج

أعلى SARS-CoV-2 تم الكشف عن التتر من اللعاب من مسحات أنفية بلعومية من المرضى المنومين
إلى تحديد ما إذا كان اللعاب يعمل مثل الولايات المتحدة. توصية مؤتمر نزع السلاح باستخدام مسحات البلعوم من أجل SARS-CoV-2 التشخيص ، قمنا بجمع عينات إكلينيكية من 44 كوفيد -19 المشاركون في دراسة المرضى الداخليين ( الجدول 1 ). هذا يمثل الفوج مجموعة من COVID-19 المرضى المصابين بمرض شديد بنسبة 19 (43٪) تتطلب عناية مركزة 10 (23٪) تتطلب تهوية ميكانيكية و 2 (5٪) المتوفى اعتبارًا من 5 أبريل 2020. باستخدام u.s. cdc SARS-CoV-2 RT-PCR الفحص ، اختبرناها 121 جمع اللعاب ذاتيًا أو الرعاية الصحية مسحات أنفية بلعومية من هذا المجموعة. نحن وجدت توافقًا قويًا بين الولايات المتحدة. cdc “N1” و “N2” مسبار التمهيدي مجموعات ( بيانات موسعة شكل 1) ، وبالتالي حساب عيارات الفيروس (فيروس نسخ / مل) باستخدام “N1” فقط مجموعة. من تم اختبار جميع العينات الإيجابية ( ن = 46 nasopharyngeal، 37 saliva) ، وجدنا أن متوسط ​​عيار الفيروس الهندسي من كان اللعاب حول 5⨉ أعلى من مسحات أنفية بلعومية ( ص < 0.05 ، مان ويتني اختبار ؛ التين 1a ). متى قصر تحليلنا على مطابق للمريض فقط عينات البلعوم واللعاب ( ن = 38 لكل نوع عينة) ، وجدنا أن SARS-CoV-2 التتر من كان اللعاب أعلى بكثير من مسحات أنفية بلعومية ( ص = 0.0001 ، ويلكوكسون اختبار ؛ التين 1 ب ). علاوة على ذلك ، اكتشفنا SARS-CoV-2 من اللعاب وليس المسحات الأنفية البلعومية من ثماني عينات مطابقة (21٪) ، بينما اكتشفنا فقط SARS-CoV-2 من مسحات البلعوم وليس اللعاب من ثلاث عينات متطابقة (8٪ ؛ التين 1 ج ). بشكل عام ، وجدنا أعلى SARS-CoV-2 التتر من اللعاب من مسحات أنفية بلعومية من مستشفى المرضى الداخليون

الجدول 1. كوفيد -19 خصائص مجموعة المرضى الداخليين

الشكل 1. SARS-CoV-2 التتر أعلى في اللعاب من مسحات أنفية بلعومية من مستشفى المرضى الداخليون ( أ ) جميع المسحات الأنفية البلعومية إيجابية ( ن = 46) وعينات اللعاب ( ن = 39) تمت مقارنتها بواسطة Mann-Whitney اختبار ( ص < 0.05). تمثل الأشرطة الوسيط و 95٪ CI. لدينا حدود الكشف عن الفحص لـ SARS-CoV-2 باستخدام cdc الأمريكي “N1” الفحص عند عتبة الدورة 38 ، والتي تقابل 5،610 فيروس نسخ / مل من العينة (معروض كخط منقط و منطقة رمادية). ( ب ) عينات المريض المتطابقة ( ن = 38) ، ممثلة بخطوط التوصيل ، تمت مقارنتها بـ Wilcoxon اختبار الاختبار ( ص < 0.05). ( ج ) عينات المريض المتطابقة ( ن = 38) يتم تمثيلها أيضًا على مخطط مبعثر. يمكن العثور على جميع البيانات المستخدمة لإنشاء هذا الرقم ، بما في ذلك عتبات الدورة الأولية ، في البيانات التكميلية 1 . بيانات موسعة شكل 1يوضح الارتباط بين مقايسة cdc "N1" و “N2” النتائج.

أقل مؤقتة SARS-CoV-2 التباين متى اختبار اللعاب من المرضى المنومين

مؤقت SARS-CoV-2 اختبار تشخيصي من تم الإبلاغ عن مسحات البلعوم الأنفي ^2،3متغير ، قمنا باختبار عينات طولية من البلعوم والأنف واللعاب من المرضى الداخليون لتحديد نوع العينة الذي يوفر نتائج أكثر اتساقًا. من 22 مشاركًا لديهم مسحات بلعومية متعددة و 12 مشاركًا مع عينات متعددة من اللعاب ، وجدنا أن SARS-CoV-2 انخفض التتر بشكل عام في كلا نوعي العينات بعد التاريخ المبلغ عنه لظهور الأعراض ( التين 2a ). لدينا نتائج مسحة البلعوم متوافقة مع ^2،3التقارير السابقة للمتغير SARS-CoV-2 التتر والنتائج : وجدنا 5 حالات أين أ المشارك كانت المسحة الأنفية البلعومية سلبية لـ SARS-CoV-2 متبوعة بنتيجة إيجابية خلال المجموعة التالية (5 / 33 تكرار ، 33٪ ؛ التين 2 ب ) . في مجموعات اللعاب الطولية من ومع ذلك ، لم تكن هناك حالات 12 مريضًا كانت فيها العينة سلبية ، ثم تلتها نتيجة إيجابية نظرًا لأن نتائج الاختبارات السلبية الحقيقية مهمة للأطباء لتتبع تحسينات المريض ولاتخاذ القرارات المتعلقة بالتسريح ، فإن بياناتنا تشير إلى أن اللعاب هو نوع عينة أكثر اتساقًا من مسحات أنفية بلعومية لرصد التغيرات الزمنية في SARS-CoV-2 التتر.

شكل 2: SARS-CoV-2 يكون الاكتشاف أقل تباينًا بين مجموعات العينات المتكررة باستخدام اللعاب. (أ) طولي SARS-CoV-2 التتر من تظهر مسحات اللعاب أو البلعوم على شكل أيام منذ أعراض بداية. تمثل كل دائرة عينة منفصلة متصلة بعينات إضافية من نفس المريض بخط متقطع. لدينا حدود الكشف عن الفحص لـ SARS-CoV-2 باستخدام cdc الأمريكي “N1” الفحص عند عتبة الدورة 38 ، والتي تقابل 5،610 فيروس نسخ / مل من العينة (معروض كخط منقط و منطقة رمادية). ( ب ) يتم عرض البيانات أيضًا بواسطة لحظة أخذ العينات (مجموعة متسلسلة وقت) لإبراز الفروق في عيارات الفيروسات بين نقاط التجميع. يمكن العثور على جميع البيانات المستخدمة لإنشاء هذا الرقم ، بما في ذلك عتبات الدورة الأولية ، في البيانات التكميلية 1 .

أكثر اتساقًا أخذ العينات الذاتية من عمال الرعاية الصحية الذين يستخدمون اللعاب

التحقق من صحة اللعاب للكشف عن السارس SARS-CoV-2 الالتهابات يمكن يثبت التحولي لكل من تشخيص المريض عن بعد وعامل الرعاية الصحية إلى للتحقيق في هذا الأمر ، قمنا بتسجيل 98 عامل رعاية صحية بدون أعراض في دراستنا وجمع اللعاب و / أو مسحات البلعوم الأنفي في المتوسط ​​كل 2.9 أيام (النطاق = 1-8 أيام ، الجدول 2 ). إلى التاريخ ، اكتشفنا SARS-CoV-2 في اللعاب من اثنين من العاملين في مجال الرعاية الصحية الذين كانت سلبية عن طريق مسحات البلعوم باستخدام كل من الولايات المتحدة الأمريكية cdc "N1" و “N2” الاختبارات ولم يبلغ عن أي أعراض. ​​ اللعاب من واحد من هؤلاء تم اختبار الأفراد مرة أخرى إيجابيًا جنبًا إلى جنب مع مسحة البلعوم الأنفي السلبية المطابقة كرر الاختبار بعد يومين . التتر الفيروس من رعاية صحية بدون أعراض اللعاب أقل من ماذا نكتشف عادةً من المرضى المنومين الذين يعانون من أعراض ( التين 3 أ ) ، والذي من المحتمل أن يدعم عدم وجود الأعراض. ​​

لدينا تدعم البيانات المحدودة أن اللعاب قد يكون أكثر حساسية للكشف عن الأعراض أو قبل الأعراض التهابات ؛ ومع ذلك ، يلزم حجم عينة أكبر للتأكيد. حيث أن عدم تناسق عينات مسحة البلعوم الأنفي قد يكون أحد المشكلات المحتملة للسلبيات الكاذبة ( التين 2) ، قد توفر مراقبة الضوابط الداخلية لجمع العينات بالشكل الصحيح ، إنزيم rnase P البشري ، تقييمًا بتقنية بديلة بينما كان اكتشاف rnase p البشري أفضل من اللعاب في كل من مجموعات المرضى الداخليين وعاملي الرعاية الصحية ( التين 3 ب ) ، هذا وحده قد لا يشير إلى اكتشاف أفضل للفيروسات. الأهم من ذلك ، وجدنا أن اكتشاف rnase p البشري كان أكثر تنوعًا من تم جمع مسحات البلعوم الأنفي من المرضى المنومين ( ص = 0.0001، f اختبار التباينات) وجمعها ذاتيًا من عمال الرعاية الصحية ( ص = 0.0002 ؛ التين 3 ب ). لدينا تشير النتائج إلى أن اللعاب قد يكون أيضًا بديلاً مناسبًا ، وربما أكثر حساسية ، للمسحات الأنفية البلعومية للفحص بدون أعراض أو SARS-CoV-2 التهابات

الجدول 2. مجموعة عمال الرعاية الصحية

شكل 3. اللعاب بديل لـ SARS-CoV-2 الفرز من العاملون في مجال الرعاية الصحية والحالات ( أ ) SARS-CoV-2 التتر قياس من لعاب العاملين في مجال الرعاية الصحية والمرضى الداخليين. لدينا حدود الكشف عن الفحص لـ SARS-CoV-2 باستخدام cdc الأمريكي “N1” الفحص عند عتبة الدورة 38 ، والتي تقابل 5،610 فيروس نسخ / مل من العينة (معروض كخط منقط و منطقة رمادية). ( ب ) RT-PCR عتبات الدورة (Ct) قيم rnase P البشري ، والرقابة الداخلية لجمع العينات ، من إما المرضى الداخليون (على اليسار اللوحة) أو العاملين في مجال الرعاية الصحية (يمين لوحة) تمت مقارنتها بالفروق باستخدام اختبار f ( ص = 0.0001 للمرضى الداخليين ؛ ص = 0.0002 للعاملين في مجال الرعاية الصحية يمكن العثور على جميع البيانات المستخدمة لإنشاء هذا الرقم ، بما في ذلك عتبات الدورة الأولية ، في البيانات التكميلية 1 .

نقاش

لدينا توضح الدراسة أن اللعاب هو بديل عملي ومفضل للمسحات الأنفية البلعومية من أجل SARS-CoV-2 كشف نحن وجد أن حساسية SARS-CoV-2 الكشف من اللعاب قابل للمقارنة ، إن لم يكن متفوقًا على المسحات الأنفية البلعومية في الاستشفاء المبكر ويكون أكثر اتساقًا خلال الاستشفاء الممتد والاستشفاء علاوة على ذلك ، تم الكشف عن SARS-CoV-2 من يشير لعاب اثنين من العاملين في مجال الرعاية الصحية بدون أعراض على الرغم من مسحات البلعوم الأنفي المتطابقة السلبية إلى أن اللعاب قد يكون أيضًا بديلاً قابلاً للتطبيق لتحديد العدوى الخفيفة أو دون السريرية. مع مزيد من التحقق ، التنفيذ الواسع النطاق لأخذ عينات اللعاب يمكن يكون تحويلي للصحة العامة الجهود: اللعاب جمع ذاتي ينفي الحاجة إلى رعاية صحية مباشرة عامل - مريض التفاعل ، مصدر ^14-16 العديد من الاختناقات الرئيسية للاختبارات والمخاطر العامة للإصابة بعدوى المستشفيات ، ويخفف من متطلبات التوريد على المسحات ومعدات الحماية الشخصية.

AsSARS-CoV-2 مختلف الأحمال بين حقائب الأطفال ، أحد قيود دراستنا هو التركيز الأساسي على COVID-19 المرضى المنومين ، وكثير منهم يعانون من مرض. شديد في حين أن هناك حاجة إلى مزيد من البيانات لإجراء مقارنة أكثر دقة بين فعالية اللعاب في المستشفى وبين فعالية اللعاب في وقت سابق أثناء الإصابة ، فإن النتائج من دراستان حديثتان تدعمان إمكاناته لـ ^{13 ، 18} الكشف عن SARS-CoV-2 من كل من الأفراد الذين لم تظهر عليهم أعراض ومرضى العيادات الخارجية . مثل ¹² تم الكشف عن فيروس معدي من لعاب COVID-19 المرضى ، والتأكد من العلاقة بين نسخ الجينوم الفيروسي وجزيئات الفيروس المعدية في لعاب ¹⁹ ما قبل الأعراض سيلعب الأفراد دورًا رئيسيًا في فهم ديناميات ^1،20انتقال بدون أعراض. ​​

ينبع من النتائج الواعدة لـ SARS-CoV-2 الكشف بدون أعراض 13

الأفراد ، فحص السارس- CoV-2 ، الكشف عن الفيروس ، تمت الموافقة عليه مسبقًا ، 18

نحن. تصريح الاستخدام الطارئ لإدارة الغذاء والدواء . إلى تفي بمتطلبات الاختبار المتزايدة ، ومع ذلك ، فإن النتائج التي توصلنا إليها تدعم الحاجة إلى التحقق الفوري وتطبيق اللعاب لـ SARS-CoV-2 التشخيص في المعامل السريرية المعتمدة

طرق

أخلاق

تم تسجيل جميع المشاركين في الدراسة وأخذ عينات منها وفقًا لجامعة ييل معتمدة من HIC البروتوكول # 2000027690. تم جمع المعلومات السكانية والبيانات السريرية والعينات فقط بعد أن اعترف المشارك في الدراسة بأنهم فهم بروتوكول الدراسة ووقع الموافقة المستنيرة تم جمع جميع معلومات وعينات المشاركين بالاشتراك مع معرفات الدراسة

تسجيل المشتركين

المرضى المنومين
المرضى الذين تم قبولهم في مستشفى ييل نيو هيفن (a 1541-bed مركز طبي للرعاية الثالثة في نيو هافن ، CT ، الولايات المتحدة الأمريكية) ، الذين ثبتت إصابتهم بـ SARS-CoV-2 عن طريق البلعوم الأنفي و / أو مسحة بلعومية (CDC مقايسة معتمدة) تمت دعوتهم للتسجيل في البحث الدراسة. كانت معايير الاستبعاد من العمر أقل من 18 عامًا ، غير الإنجليزية دليل حديث وإكلينيكي أو إشعاعي أو معمل لـ غير معدي سبب الحمى أو أعراض الجهاز التنفسي أو مؤكد ميكروبيولوجيًا مصدر معدي (على سبيل المثال الجهاز الهضمي ، البولي ، القلب والأوعية الدموية) غير من الجهاز التنفسي للأعراض وعدم الشك في COVID-19 عدوى

عمال الرعاية الصحية
عمال الرعاية الصحية بدون أعراض (على سبيل المثال ، بدون حمى أو أعراض تنفسية) مع التعرض المهني لمرضى COVID-19 تمت دعوتهم للتسجيل في الدراسة. مكنت المشاركة في الدراسة من المراقبة النشطة لضمان الاكتشاف المبكر بعد التعرض ولزيادة حماية العاملين في الرعاية الصحية الآخرين و المرضى

جمع العينات

المرضى المنومين
تم الحصول على عينات من البلعوم واللعاب كل ثلاثة أيام طوال السريرية . تم أخذ عينات البلعوم الأنفي من قبل ممرضات مسجلات باستخدام النقل الفيروسي الشامل bd (UVT) النظام. المرنة الطرف الصغير تم تمرير المسحة عبر المريض فتحة الأنف حتى تم الوصول إلى البلعوم الأنفي الخلفي ، وتركه في مكانه لعدة ثوانٍ لامتصاص الإفرازات ثم إزالته ببطء أثناء الدوران. تم وضع المسحة في وسط نقل الفيروس المعقم (إجمالي الحجم 3 مل) ومختومة بأمان. تم جمع عينات اللعاب ذاتيًا بواسطة المريض. عند عند الاستيقاظ ، طُلب من المرضى تجنب الطعام والماء وتنظيف الأسنان حتى تم جمع العينة طُلب من المرضى البصق بشكل متكرر كوب بول معقم حتى ما يقرب من الثلث ممتلئ بالسائل (باستثناء الفقاعات) ، قبل إغلاقه بإحكام. تم تخزين جميع العينات في درجة حرارة الغرفة ونقلها إلى معمل الأبحاث في مدرسة ييل للصحة العامة في غضون 5 ساعات من جمع العينة.

عمال الرعاية الصحية
طُلب من العاملين في مجال الرعاية الصحية جمع ذاتيًا مسحة من البلعوم وعينة من اللعاب كل ثلاثة أيام ولمدة أسبوعين تم تخزين العينات في + 4 درجة مئوية حتى يتم نقلها إلى معمل البحث

SARS-CoV-2 كشف

لدى وصوله إلى معمل البحث ، إجمالي نووي تم استخراج حمض من 300 ميكرولتر وسائط النقل الفيروسي من المسحة الأنفية البلعومية أو 300 ميكرولتر من اللعاب الكامل باستخدام MagMAX الفيروسية / الممرض نووي مجموعة عزل الحمض (ThermoFisher علمي) باتباع الشركة المصنعة بروتوكول و في 75 ميكرولتر شطف عازلة. عن SARS-CoV-2 rna ^{21 ، 22} الكشف ، 5 ميكرولتر من قالب rna كما تم وصفه سابقًا ، باستخدام cdc في الوقت الحقيقي RT-PCR التمهيدي / مسبار مجموعات 2019-nCoV_N1 و 2019-nCoV_N2 و rnase البشري (RP) كعنصر تحكم. تم تصنيف العينات على أنها إيجابية لـ SARS-CoV-2 متى كلاهما N1 و N2 مسبار التمهيدي تم الكشف عن مجموعات <38 ج . كانت نسخ الفيروسات ^ر كميًا باستخدام 10 أضعاف منحنى التخفيف القياسي لنصوص RNA التي كنا عليها سابقًا ²¹تم إنشاؤه . كنتائج من N1 و N2 قابلة للمقارنة ( بيانات موسعة شكل 1) ، يتم عرض جميع نسخ الفيروسات كما تم حسابها باستخدام N1 مسبار التمهيدي مجموعة.

تحليل احصائي

أجريت التحليلات الإحصائية في GraphPad منشور 8.0.0 كما هو موضح في النتائج.

شكر وتقدير

نحن أعترف بامتنان للمشاركين في الدراسة على الوقت والالتزام بـ الدراسة. نحن أشكر جميع أعضاء الفريق السريري في Yale-New ملاذ لهم التفاني والعمل الذي جعل هذه الدراسة ممكنة. نحن كما أشكر S. تايلور و P. جاك للمناقشات التقنية.

التمويل

تم تمويل الدراسة جزئيًا من قبل معهد ييل للصحة العالمية. يتمتع المؤلفون المقابلون بإمكانية الوصول الكامل إلى جميع البيانات في الدراسة ويتحملون المسؤولية النهائية عن قرار التقديم للنشر.

البيانات الموسعة

بيانات موسعة شكل 1. التوافق بين SARS-CoV-2 الكشف باستخدام cdc "N1" و “N2” مجموعات. التمهيدي والمسبار ط م = RT-PCR دورة عتبة يشير الخط المنقط والمناطق الرمادية إلى حدود الكشف.

المراجع

1. كيمبال ، A. وآخرون ال. بدون أعراض ومقدمة SARS-CoV-2 التهابات لدى سكان مركز تمريض متخصص في الرعاية طويلة الأمد - مقاطعة كينج ، واشنطن ، مارس 2020. MMWR مورب. بشري. Wkly. ممثل 69، 377-381 (2020).

2. Wölfel ، R. وآخرون ال. التقييم الفيروسي للمرضى المقيمين بالمستشفى المصابين COVID-2019. طبيعة (2020) دوى: 10.1038 / s41586-020-2196-x.

3. زو ، L. وآخرون ال. SARS-CoV-2 الحمل الفيروسي في عينات الجهاز التنفسي العلوي للمرضى ن الانكليزية J. طب 382 ، 1177-1179 (2020).

4. تشاو ، ج. وآخرون ال. استجابات الجسم المضاد لـ SARS-CoV-2 في مرضى فيروس كورونا المستجد مرض 2019. كلين تصيب ديس. (2020) دوى: 10.1093 / cid / ciaa344.

5. شيه ، X. وآخرون ال. الصدر قيراط لنموذجي 2019-nCoV ذات الرئة: علاقة سلبية RT-PCR اختبار الأشعة 200343 (2020).

6. وانج دبليو وآخرون ال. الكشف عن SARS-CoV-2 في أنواع مختلفة من العينات السريرية جامع (2020) دوى: 10.1001 / jama.2020.3786.

7. إلى ، K. K.-W. وآخرون ال. ملامح زمنية للحمل الفيروسي في عينات اللعاب البلعومي الخلفي واستجابات الأجسام المضادة في الدم عدوى بواسطة SARS-CoV-2: مجموعة رصد دراسة. لانسيت تصيب. ديس. (2020) دوى: 10.1016 / S1473-3099 (20) 30196-1.

8. CDC. توصيات مؤقتة للوقاية من العدوى ومكافحتها للمرضى المشتبه بهم أو المؤكدين فيروس كورونا مرض 2019 (كوفيد -19) في الرعاية الصحية الإعدادات. مراكز السيطرة على الأمراض والوقاية منها https: / / www.cdc.gov / فيروس كورونا / 2019-ncov / hcp / مكافحة العدوى - التوصيات. tml؟ CDC_AA_refVal = https٪ 3A٪ 2F٪ 2Fwww.cdc.gov٪ 2Fcoronavirus٪ 2F2019-ncov ٪ 2 عنصر تحكم العدوى٪ 2Fcontrol-plans.html (2020).

9. ديمان ، ن وآخرون ال. فعالية جمع المريض مسحات للإنفلونزا مايو عيادة بروك. 87، 548-554 (2012).

10. كيم ، Y.-G. وآخرون ال. مقارنة بين عينات مسحة اللعاب والبلعوم للكشف عن فيروسات الجهاز التنفسي عن طريق الانعكاس المتعدد J. كلين ميكروبيول. 55، 226-233 (2017).

11. ويلي ، أ L. وآخرون ال. المراقبة الجزيئية لحمل المكورات العقدية الأنفية البلعومية في الأطفال الذين تم تطعيمهم بلقاحات المكورات الرئوية متعددة السكاريد علوم. ممثل 6، 23809 (2016).

12. إلى ، K. K.-W. وآخرون ال. الكشف المتسق عن 2019 رواية فيروس كورونا في اللعاب. كلين تصيب ديس. (2020) دوى: 10.1093 / cid / ciaa149.

13. كوجيما ، N. وآخرون ال. تُظهر مسحات الأنف والسوائل التي يتم جمعها ذاتيًا حساسية مماثلة للمسحات الأنفية البلعومية التي تم جمعها من قبل الطبيب لـ Covid-19 كشف. medRxiv 2020.04.11.20062372 (2020).

14. تران ، ك. ، سيمون ، ك. ، سيفرن ، إم ، بيسوا سيلفا ، C. L. & كونلي J. إجراءات توليد الهباء الجوي وخطر انتقال عدوى الجهاز التنفسي الحادة إلى الرعاية الصحية العمال: مراجعة منهجية. بلوس واحد 7، e35797 (2012).

15. جودسون S. د & مونستر V. J. انتقال الفيروسات الناشئة من المستشفيات عبر توليد الهباء الجوي طبي إجراءات. الفيروسات 11، (2019).

16. وانج د وآخرون ال. الخصائص السريرية لـ 138 المرضى في المستشفيات مع 2019 رواية مصابين بفيروس كورونا الالتهاب الرئوي في ووهان الصين. جامع (2020) دوى: 10.1001 / jama.2020.1585.

17. ليو ، Y. وآخرون ال. الديناميكيات الفيروسية في الحالات الخفيفة والشديدة من COVID-19. لانسيت تصيب. ديس. (2020) دوى: 10.1016 / S1473-3099 (20) 30232-2.

18. نحن. طعام & عقار إدارة. تصريح استخدام الطوارئ المعجل (EUA) ملخص SARS-CoV-2 مقايسة (روتجرز الجينوميات السريرية المختبر). https: / / www.fda.gov / media / 136875 / تنزيل.

19. لوير S. أ وآخرون ال. فترة حضانة فيروس كورونا مرض 2019 (كوفيد -19) من تم تأكيده علناً الحالات: التقدير و التطبيق. آن متدرب طب

المصدر: https: / / www.medrxiv.org / content / 10.1101 / 2020.04.16.20067835v1.full.pdf

AnneL.Wyllie1 *، JohnFournier2، ArnauCasanovas-Massana1، MelissaCampbell2، MariaTokuyama3، Pavithra فيجاياكومار 4 ، بيرتي Geng4 ، م كاترين Muenker1 ، آدم J. مور 1 ، شانتال ب.ف. Vogels1 ، ماري إي بترون 1 ، إيزابيل م Ott5 ، Peiwen Lu3 ، Arvind فينكاتارامان 3 ، أليس لو كوليجان 3 جوناثان Klein3 ، ريبيكا Earnest1 مايكل Simonov6 ، Rupak Datta2 ، ريان Handoko2 ، نيدا نوشاد 2 ، لورنزو R. Sewanan2 ، الأردن فالديز 2 ، إليزابيث ب White1 سارة لابيدوس 1 ، Chaney ج Kalinich1 ، شياودونغ جيانغ 3 دانيال J. Kim3 ، إيريكو كودو 3 ميليسا Linehan3 ، تيانيانغ Mao3 ، Miyu مورياما 3 ، ji Eun أوه 3 ، أنسي بارك 3 ، خوليو سيلفا 3 ، إريك Song3 ، Takehiro تاكاهاشي 3 ، مانابو Taura3 ، Orr-El وايزمان 3 ، باتريك Wong3 ، يكسين Yang3 ، سانتوس Bermejo7 ، كاميلا Odio8 سعد ب عمر 1 ، 2 ، 9 ، 10 ، تشارلز S. ديلا كروز 7 ، ShelliFarhadian2، RichardA.Martinello2،7،11، AkikoIwasaki3،12، NathanD.Grubaugh1 # *، AlbertI.Ko1 # *

1 قسم وبائيات الأمراض الميكروبية ، مدرسة ييل للصحة العامة ، نيو هافن ، CT 06510 ، الولايات المتحدة الأمريكية 2 قسم الطب ، قسم الأمراض المعدية ، مدرسة ييل للطب ، نيو هافن ، كونيتيكت ، 06510 ، الولايات المتحدة الأمريكية
3 قسم بيولوجيا المناعة ، كلية الطب بجامعة ييل ، نيو هافن ، كونيتيكت ، 06510 ، الولايات المتحدة الأمريكية
4 قسم التوليد وأمراض النساء وعلوم الإنجاب ، كلية الطب بجامعة ييل ، نيو هافن ، كونيتيكت ، 06510 ، الولايات المتحدة الأمريكية
5 قسم علم البيئة وعلم الأحياء التطوري ، جامعة ييل ، نيو هافن ، ct 06520 ، الولايات المتحدة الأمريكية
6 برنامج للبحوث التطبيقية التطبيقية ، كلية الطب بجامعة ييل ، نيو هافن ، كونيتيكت ، 06510 ، الولايات المتحدة الأمريكية
7 قسم الطب الباطني ، قسم أمراض الرئة والرعاية الحرجة وطب النوم ، كلية الطب بجامعة ييل ، نيو هافن ، كونيتيكت ، 06510 ، الولايات المتحدة الأمريكية
8 قسم الطب ، المجموعة الطبية الشمالية الشرقية ، Yale-New هافن هيلث ، نيو هافن ، ط م 06510 ، الولايات المتحدة الأمريكية
9 معهد ييل للصحة العالمية ، نيو هافن ، CT 06510 ، الولايات المتحدة الأمريكية
مدرسة تمريض 10 ييل ، نيو هافن ، ط 06510 ، الولايات المتحدة الأمريكية
11 قسم الوقاية من العدوى ، Yale-New هافن هيلث ، نيو هافن ، ط م 06520
12 معهد هوارد هيوز الطبي ، نيو هافن ، ط م 06510 ، الولايات المتحدة الأمريكية

# كبار المؤلفين المشتركين
* المراسلات: anne.wyllie@yale.edu (ALW) ؛ nathan.grubaugh@yale.edu (NDG) ؛ albert.ko@yale.edu (AIK)